综合办公室：负责研究所行政系统日常事务管理。负责研究所行政系统收发文及印章管理，奥运园区办公和科研用房管理，办公环境管理和物业监管，公共安全管理，信息宣传，网络管理，公务车辆管理，档案管理，医务室管理；负责所领导公务活动后勤保障。
综合办公室下设档案管理室（所史馆），负责全所各类档案（包括人事、机构、资产、财务、科研、基建等档案）及其电子版的登记、归档、保护、查阅等，及所史馆建设工作。
党委办公室（纪检监察审计办公室）（分别简称党办、纪监审办公室）：负责党务系统日常事务管理。负责研究所党务系统收发文及印章管理，党费收缴和管理，党员发展和管理，党建（政治学习）和宣传的计划制定和安排，廉政建设事务管理，纪检监察审计日常事务管理。负责联系指导各党支部，及工会、团委、妇联、侨联，负责联系各民主党派。负责在职的全国人大代表和政协委员及以上人士、全国劳模或同级别人士、院士和特殊人才公务活动后勤保障。
纪监审办公室：具体负责全所纪检、监察、科研诚信、审计工作。
人事处：负责干部管理。负责中层科研和管理干部（含地方事业法人单位）任免事务（推荐和招聘、测评和考察、送审、发文等），干部绩效监督管理和考核（含年终考核），干部学习和培训等管理工作。
负责人事管理。负责在编人员、项目聘用（劳务派遣）人员、高访客座、博士后、离岗安置及离退休人员的人事管理，及岗位招聘，职称评审，年终考核，工资（津贴）核定，离退休职工等管理工作。
负责管理部门设置和调整，及其职能定位和岗位核定。
负责人才和职工再教育管理。负责人才引进，各类人才计划（不含国际人才计划）组织和实施，博士后，职工再教育等管理工作。
人事处下设离退休职工管理办公室（简称离退办），负责全所离退休职工人事管理工作。
科研处：负责科研管理。负责科研规划，项目（含军民融合）组织、实施和监督，所长基金，绩效审核和统计，绩效奖励工资核定，奖励申报，科研部门设置和调整，学科定位和岗位核定。
保密办公室挂靠科研处，负责研究所的日常保密工作管理。负责组织制定保密基本制度，拟定年度保密工作计划，监督指导各部门的保密工作，组织开展保密检查，组织查处违反保密法律法规的行为和泄密事件等。
科研处下设军民融合项目管理办公室（简称军民融合项目办），统筹负责全所军民融合项目组织、实施和监督；下设国家重点研发计划重点专项管理办公室（简称专项办），主要职能是代表研究所对专项任务进行全过程管理，协助有关部门对专项任务进行审计和核查，协助科研处对专项任务成果进行宣传。
对外合作处：负责国际合作管理。负责国际合作规划，国际合作项目，国外合作基地，人员出访、来访手续，外事活动等管理工作。
负责研究所院地合作管理。负责院地合作规划，院地合作项目，挂靠学会，院非法人中心，科普活动等管理工作。
负责研究所外籍职工招聘和管理（和人事处合作），国际人才计划组织和实施。
负责地方事业法人机构组建，及其职能定位和岗位核定。
教育处：负责研究生管理。负责研究生招生、教育和管理工作；负责由研究所承建的国科大五个教研室，及涉及本科地理教育的管理工作。
财务资产处： 负责资产管理。负责投资规划，成果转移转化和知识产权，地方事业法人、全资或参股公司、国家地理杂志社，住房，台站各类资产，仪器和设备等管理工作。
负责财务管理。负责财务规划，财务管理，财务审计，项目（课题）经费预算和报销，住房公积金和住房补贴，工资（津贴和绩效）发放，公费医疗保险等管理工作。
负责公司组建及调整、地方事业法人机构调整，及其职能和岗位核定的调整。
平台基建处：负责研究所平台条件规划和建设管理。负责仪器（设备）申请、研发、购置和维护等管理，野外台站（包括CERN站和国家站），图书馆，期刊编辑部（国家地理杂志社除外），实验（分析）中心，数据平台（包括国家平台），CERN挂靠中心等协调管理工作。
负责野外台站、期刊、实验（分析）、数据平台设置和调整，及其职能定位和岗位核定。
负责研究所科研基础设施规划和建设管理工作。负责豹房项目办，野外台站基础设施建设，怀柔科学城地表系统研发平台建设，生态系统大科学装置建设，奥运园区办公场所和环境建设等管理工作。
平台基建处下设豹房项目办，承担博世祥园小区建设单位的管理职责。
管理系统办公室或部门的主要联系方式
所综合办：010-64889276
党委办公室： 010-64889290
纪监审办公室：010-64889098
人事处：010-64888255 离退休人员工作办公室：010-64889822
科研处：010-64888978
对外合作处：010-64889287
教育处：010-64889434
财务资产处：010-64889462 资产管理：010-64889449
平台基建处：010-64889781
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